A AQUASIS, associação civil e filantrópica sem fins lucrativos, foi criada em 1994 por professores, pesquisadores e alunos das Universidades Federal (UFC) e Estadual (UECE) do Ceará, bem como profissionais liberais e voluntários com a missão de promover a pesquisa e ações voltadas para a preservação da biodiversidade e o uso responsável dos recursos naturais no Nordeste do Brasil, estimulando mudanças de atitude para a construção de uma sociedade sustentável.

O núcleo de fundação da AQUASIS originou-se da equipe do Grupo de Estudo de Cetáceos do Ceará (GECC), atuante desde 1992 na pesquisa e conservação de mamíferos marinhos. A partir de 1994, com o aprofundamento das questões ambientais e a experiência adquirida na realização de projetos, a equipe optou por ampliar a abrangência dos trabalhos para envolver a conservação dos ecossistemas como um todo, e o incremento do trabalho de geração de informação, no sentido de aproximar a sociedade cearense às questões de sustentabilidade e conservação da biodiversidade e dos recursos naturais. Esta ampliação de escopo deu origem à Associação de Pesquisa e Preservação de Ecossistemas Aquáticos - AQUASIS.