O início do Programa de Biodiversidade da Aquasis teve como marco de fundação o projeto Esse Mar é Meu, desenvolvido no município cearense de Icapuí, no ano de 2003. Levantamentos de aves, mamíferos e de flora foram conduzidos para subsidiar a proposta de um sistema de unidades de conservação, tendo despertado o interesse da Aquasis para ampliar seu campo de ação para além da zona costeira. Desde então, o Programa organizou e ampliou sua gama de atuação, incluindo estudos com herpetologia (répteis e anfíbios).

O Programa de Biodiversidade tem como objetivos gerais:

• Conhecer a biologia das espécies quanto à sua distribuição, sistemática e ecologia.
• Desenvolver iniciativas para a conservação das paisagens naturais que preservem os processos ecológicos, considerando o contexto sócio-econômico das áreas estudadas.