O cumprimento dos objetivos de conservação da Aquasis depende de estratégias de ação diferenciadas para cada espécie ou área prioritária definidas no planejamento estratégico trianual da instituição. O Programa de Gestão Ambiental Integrada da Aquasis busca dar suporte aos projetos desenvolvidos com as espécies-bandeira ou áreas críticas para conservação, no sentido de discutir as melhores formas de atingir os seus objetivos de conservação através da articulação com políticas públicas existentes, bem como utilizando ferramentas de ordenamento e manejo de recursos naturais. Como exemplo de programas de ordenamento e ferramentas de conservação que a Aquasis utiliza para atingir seus objetivos, podemos citar: o Programa Nacional de Gerenciamento Costeiro; a criação e manejo de Unidades de Conservação em áreas críticas; a elaboração e condução de Planos de Conservação para espécies ameaçadas; a criação de redes de reservas particulares, etc.