A Aquasis trabalha com afinco para evitar a perda de biodiversidade, por meio de processos de conservação de longo prazo, pesquisas de campo, sensibilização e envolvimento da sociedade, além de atuar em políticas públicas como criação e manejo de áreas protegidas. A essas estratégias a Aquasis deu o nome Programa Extinção Zero no Ceará, instituído em 2010 com o apoio da Fundação Grupo Boticário de Proteção à Natureza. Para que a Aquasis cumpra seu objetivo, a instituição conta a atuação de quatro Programas institucionais: